Manhaj Pesantren UBK Plus dalam beragama adalah berlandaskan Al Quran dan As Sunnah dengan berpegang pada penjelasan para ulama rabbaniyyun dalam memahami keduanya.
 
Dalam bab aqidah, UBK Plus beraqidah sebagaimana yang dijelaskan oleh para ulama Ahlussunnah Wal Jamaah. Sedangkan dalam bab fiqh, UBK Plus berlandaskan fiqh madzhab Syafi’i, dengan memberikan penjelasan tentang perbedaan pendapat baik dalam madzhab Syafi’i sendiri maupun dengan madzhab-madzhab lain. UBK Plus menghormati perbedaan pendapat di kalangan kaum muslimin, yang masih berdasarkan pada salah satu madzhab yang mu’tabar.
 
UBK Plus menjaga keseimbangan sebagai Islam yang wasath (pertengahan), bukan radikal ataupun liberal, bukan khawarij maupun murji`ah, bukan qadariyyah maupun jabriyyah. UBK Plus ingin berkontribusi dalam dunia pendidikan ini sebagai barisan yang teguh dan setia pada Kalam Allah (AL-Quran) dan mencontoh Nabi dalam berpikir, berkata, dan bertindak.
 
Semoga keberadaan UBK Plus menjadi manfaat untuk ummat. Amiin.